全基因組de novo測序?全基因組de novo測序,又稱基因組從頭測序,指不依賴參考基因組,對某物種進行全基因組測序和拼接組裝,從而獲得該物種的全基因組序列圖譜,并為后續的基礎生物學、分子育種、遺傳基因改良等方面的研究奠定基礎。

小標題-產品優勢-中
高達N50組裝指標;
少至contig數量;
極大提高復雜基因組的組裝質量;
可以獲得高精度的基因組圖譜。

小標題-信息分析-中

基本信息分析 基因組Survey 1.K-mer分析;

2.GC-Depth分析;

3.估算基因組大??;

4.基因組雜合度和重復序列比例評估

基因組拼接組裝 1.測序深度分析;

2.基因組GC含量分析;

3.染色體區域覆蓋度評估;

基因組注釋及功能分析 1.基因預測;

2.基因功能注釋;

3.ncRNA注釋;

4.重復序列分析;

5.GO分類;

6.KEGG通路分析

高級信息分析 比較基因組及進化分析 1.基因家族分析;

2.基因家族收縮/擴張分析;

4.物種系統進化樹構建;

5.正向選擇基因分析;

6.物種分化時間計算;

7.直系同源基因鑒定;

8.基因組共線性分析;

9.全基因組復制分析

個性化信息分析 多組學整合分析 1.全長轉錄組整合分析;

2.其他組學整合分析:甲基化、小RNA、群體GWAS、群體進化等

小標題-樣品要求-中

圖標-NGS紫-樣品-小
gDNA
450bp文庫:總量≥2μg,濃度≥20 ng/μl

2、5kb文庫:總量≥5μg,濃度≥30 ng/μl

20kb文庫:總量≥30μg,濃度≥100 ng/μl

圖標-NGS紫-文庫-小
簡單基因組:
450bp文庫
2、5Kb文庫
復雜基因組:
450bp文庫
2、5、8Kb

圖標-NGS紫-測序-小
簡單基因組:
PE250:450bp文庫 ≥50X
PE150:2、5Kb文庫 ≥10X
復雜基因組:
PE250:450bp文庫 ≥50X
PE150:2、5、8Kb文庫 ≥30X

小標題-案例分析-中
Illumina二代測序平臺完成鯉魚全基因組de novo測序

本研究選取家養Songpu鯉魚的純合二倍體基因組DNA,經過Roch454,Illumina,SOLiD全基因組測序,拼接和組裝并繪制了一個馴養鯉魚(Songpu家系)的基因組草圖。研究結果推測最近的全基因組復制發生于大約820萬年前。對來自世界各地33種鯉魚品種進行基因組重測序證實了鯉魚的兩個亞種鯉(C.carpio Haematopterus)和西鯉(C.carpio carpio)單一的起源。結合高分辨率的遺傳圖譜,該基因組草圖為鯉魚基因組輔助育種研究、優良品種快速培育提供了重要基礎。

2-4 全基因組de novo測序-案例分析-附圖-小

鯉魚50條染色體基因組草圖

Xu P, Zhang X, et al., Genome sequence and genetic diversity of the common carp, Cyprinus carpio. Nat Genet. (2014), 46(11):1212-9.